所有期間に関係なくマイホームを売却した譲渡所得から3,000万円を控除できます。
ただし、売却年の前年・前々年に居住用財産の買換え特例や譲渡損失の損益通算等の特例を受けた場合はこの特例を受けられません。

譲渡所得が3,000万円を超える場合でも、所有期間10年超のマイホームやその敷地を売却した場合、3,000万円特別控除後の課税譲渡所得6,000万円以下の部分については軽減税率14.21％(住民税・復興特別所得税を含む)が適用されます。

居住・所有期間10年超のマイホームを買い換え、買換え資産の取得価額が譲渡価額を超える場合には、今回の譲渡はなかったものとして課税の繰延べが行われ、売却年の譲渡所得には課税されません。（平成27年12月31日までの譲渡で譲渡価額1億円が上限）
なお、この特例を受けた譲渡所得については上記の2つの特例（3,000万円特別控除制度、軽減税率の適用）は受けられません。